Таблица 34 -Параметры генетического разнообразия популяций романовской породы овец с использованием AG-ISSR-PCR маркеров в разрезе линий
| Выборка | Полимо рфных локусов, % | Средний на локус индекс информации Шеннона, I (Lewontin, 1972) (±se) | Среднее на локус генное разнообразие, HT (Nei, 1987) (±se) | Мера информацион ного полиморфизм а (PIC) | Среднее число аллелей µ (Животовск ий, 1991) (±sµ) | Доля редких аллелей hµ (Животовски й, 1991) (±sh) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 8222 Rebel | 86,842 | 0,230±0,003 | 0,225±0,025 | 0,225±0,004 | 1,600±0,114 | 0,926±0,037 |
| 450 | 86,842 | 0,230±0,003 | 0,221±0,024 | 0,221±0,004 | 1,598±0,115 | 0,927±0,037 |
| 25 | 84,211 | 0,232±0,003 | 0,228±0,025 | 0,228±0,004 | 1,600±0,113 | 0,925±0,037 |
| 508 | 76,316 | 0,221±0,004 | 0,230±0,028 | 0,230±0,005 | 1,574±0,111 | 0,920±0,036 |
| 34 | 73,684 | 0,208±0,004 | 0,212±0,028 | 0,212±0,005 | 1,541±0,118 | 0,927±0,034 |
| 8227 Ramon | 68,421 | 0,203±0,004 | 0,220±0,030 | 0,220±0,005 | 1,536±0,116 | 0,917±0,034 |
| 29 | 65,789 | 0,209±0,004 | 0,240±0,032 | 0,240±0,005 | 1,553±0,103 | 0,906±0,036 |
| 8217 Rekrut | 76,316 | 0,227±0,004 | 0,237±0,028 | 0,237±0,005 | 1,589±0,114 | 0,916±0,037 |
| 20 | 44,737 | 0,136±0,004 | 0,142±0,028 | 0,142±0,005 | 1,352±0,131 | 0,949±0,022 |
| 115 | 44,737 | 0,146±0,004 | 0,160±0,030 | 0,160±0,005 | 1,377±0,126 | 0,939±0,024 |
| 18 | 52,632 | 0,176±0,005 | 0,217±0,034 | 0,217±0,006 | 1,477±0,127 | 0,901±0,032 |
Расчет индекса PIC (polymorphic information contents) в разрезе линий для диаллельных локусов, для которых PIC = = 2f(1 - f), где f — частота одного из двух аллелей, индекс PIC характеризует уровень ожидаемой гетерозиготное™ локусов - продуктов амплификации, исходя из представлений о том, что по каждому локусу исследованная группа животных находится в равновесном состоянии, соответствующему закону Харди-Вайнберга.
Уровень ожидаемой гетерозиготности по выявленным ампликонам, фланкированным инвертированным повтором последовательности (TC) AG, среди исследованной романовской породы овец показал, что по этому параметру линии 29 (0,240±0,005), 8217 Rekrut (0,237±0,005), 508 (0,230±0,005) превосходят все остальные, а показатель PIC не зависит от количества (полиили мономорфных) локусов.
Для (GA) 9 C праймера показатели PIC находились приблизительно на одинаковом уровне. Наиболее высокий показатель ожидаемой гетерозиготности наблюдался в линии 508 (0,211±0,004), 18 (0,191±0,005), 8222 Rebel (0,190±0,004), 25 (0,190±0,004), а в линии 115 - всего 0,126±0,005.
Таблица 35- Параметры генетического разнообразия популяций романовской породы овец с использованием GA-ISSR-PCR маркеров в разрезе линий
| Выборка | Полимо рфных локусов, % | Средний на локус индекс информации Шеннона, I (Lewontin, 1972) (±se) | Среднее на локус генное разнообрази е, HT (Nei, 1987) (±se) | Мера информационн ого полиморфизма (PIC) | Среднее число аллелей µ (Животовски й, 1991) (±sµ) | Доля редких аллелей hµ (Животовски й, 1991) (±sh) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 8222 Rebel | 89,474 | 0,203±0,003 | 0,190±0,024 | 0,190±0,004 | 1,551±0,122 | 0,933±0,034 |
| 450 | 81,579 | 0,195±0,003 | 0,189±0,026 | 0,189±0,004 | 1,527±0,124 | 0,930±0,033 |
| 25 | 78,947 | 0,194±0,003 | 0,190±0,026 | 0,190±0,004 | 1,521±0,121 | 0,931±0,032 |
| 508 | 78,947 | 0,212±0,003 | 0,211±0,026 | 0,211±0,004 | 1,560±0,115 | 0,923±0,035 |
| 34 | 65,789 | 0,176±0,004 | 0,173±0,027 | 0,173±0,004 | 1,463±0,130 | 0,940±0,029 |
| 8227 Ramon | 63,158 | 0,172±0,004 | 0,182±0,030 | 0,182±0,005 | 1,462±0,127 | 0,931±0,029 |
| 29 | 52,632 | 0,162±0,004 | 0,185±0,032 | 0,185±0,005 | 1,433±0,117 | 0,926±0,028 |
| 8217 | 60,526 | 0,176±0,027 | ||||
| Rekrut | 0,170±0,004 | 0,176±0,004 | 1,453±0,130 | 0,929±0,029 | ||
| 20 | 44,737 | 0,144±0,004 | 0,165±0,032 | 0,165±0,005 | 1,380±0,122 | 0,934±0,025 |
| 115 | 36,842 | 0,121±0,004 | 0,126±0,027 | 0,126±0,005 | 1,304±0,135 | 0,945±0,021 |
| 18 | 47,368 | 0,157±0,004 | 0,191±0,033 | 0,191±0,005 | 1,424±0,129 | 0,914±0,028 |
Согласно показателям полиморфных локусов, средний на локус индекс информации Шеннона, среднее на локус генное разнообразие по Nei можно утверждать, что во всех линиях не отмечается инбредная депрессия.
Среди исследованных линий популяции романовской породы неравномерное распределение частот аллелей наблюдается у овец линии 20, так как отмечается минимальное значение среднего числа аллелей µ по AG-ISSRPCR (µ=1,352±0,131). Это подтверждается также и высокими значениями показателя hµ (0,949±0,022) в данной популяции.
В наибольшей степени равномерное распределение частот аллелей AGISSR-фрагментов отмечено в линиях 8222 Rebel и 25, так как они имеют самые высокие значения среднего числа аллелей µ=1,600±0,114 и 1,600±0,113, соответственно при средних долях редких аллелей hµ=0,926±0,037 и 0,925±0,037, соответственно.
Среди изученных популяций по GA-ISSR-PCR маркеру равномерное распределение частот аллелей свойственно выборке линии 508 (µ=1,560±0,115;
hµ=0,923±0,035), а наиболее неравномерное – выборке линии 115 (µ=1,304±0,135; hµ=0,945±0,021).
Для определения коэффициента генетической оригинальности использовался метод, разработанный Смирновым в 1969 году. Он основан на частоте встречаемости таксономических признаков. Чем реже встречается признак, тем лучше он характеризует популяцию, и напротив, чем признак типичней, тем меньше он выделяет эту группу особей среди прочих, имеющих этот признак. Разработана точная оценка совпадений или несовпадений таксономических групп в тех или иных признаках, и в соответствии с этим им был присвоен определенный «вес». Таким образом, при совпадении двух групп в признаке оригинальном им определяется больший «вес», нежели чем в совпадении их в типичном признаке (Смирнов Е.С., 1969).
Данный вид анализа был применим для определения генетического разнообразия и выявления наиболее перспективных и наиболее типичных особей внутри линий овец романовской породы в исследуемой популяции. На основании данных, полученных в ходе ISSR-фингерпринтинга с использованием маркеров AG и GA, фиксировались наличия (1) либо отсутствия (0) фрагментов в каждой размерной группе, визуализируемых на геле и была создана матрица этих значений. Далее значения наличия или отсутствия фрагментов были заменены на «взвешенные» значения. Для каждой особи был рассчитан индекс (коэффициент генетической оригинальности) на основании отношения суммы «взвешенных» значений всех размерных групп к их общему количеству по маркерам AG и GA соответственно для каждой особи в отдельности. По полученным индексам КГО построили гистограммы распределения, которые подчинялись законам о нормальном распределении. Выделили 5 интервалов, которые отражают последовательное увеличение вероятности встретить наиболее редкие фрагменты в определенных размерных группах. За минимум взяли значения до 5-ого процентиля и отнесли их к первому классу (I). Далее разделили выборку, используя полученную шкалу, по процентилям 25, 50, 75 и 95%, соответственно, присуждая II, III, IV, V классы особям, попадающим в интервал между минимальными и максимальными квантилями. Разделение проводили по каждому маркеру отдельно. Далее всю выборку разделили по линиям и провели оценку животных, находящихся в каждой из них ( Нестерук Л.В. и др., 2015) .
