Таблица 35- Параметры генетического разнообразия популяций романовской породы овец с использованием GA-ISSR-PCR маркеров в разрезе линий
| Выборка | Полимо рфных локусов, % | Средний на локус индекс информации Шеннона, I (Lewontin, 1972) (±se) | Среднее на локус генное разнообрази е, HT (Nei, 1987) (±se) | Мера информационн ого полиморфизма (PIC) | Среднее число аллелей µ (Животовски й, 1991) (±sµ) | Доля редких аллелей hµ (Животовски й, 1991) (±sh) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 8222 Rebel | 89,474 | 0,203±0,003 | 0,190±0,024 | 0,190±0,004 | 1,551±0,122 | 0,933±0,034 |
| 450 | 81,579 | 0,195±0,003 | 0,189±0,026 | 0,189±0,004 | 1,527±0,124 | 0,930±0,033 |
| 25 | 78,947 | 0,194±0,003 | 0,190±0,026 | 0,190±0,004 | 1,521±0,121 | 0,931±0,032 |
| 508 | 78,947 | 0,212±0,003 | 0,211±0,026 | 0,211±0,004 | 1,560±0,115 | 0,923±0,035 |
| 34 | 65,789 | 0,176±0,004 | 0,173±0,027 | 0,173±0,004 | 1,463±0,130 | 0,940±0,029 |
| 8227 Ramon | 63,158 | 0,172±0,004 | 0,182±0,030 | 0,182±0,005 | 1,462±0,127 | 0,931±0,029 |
| 29 | 52,632 | 0,162±0,004 | 0,185±0,032 | 0,185±0,005 | 1,433±0,117 | 0,926±0,028 |
| 8217 | 60,526 | 0,176±0,027 | ||||
| Rekrut | 0,170±0,004 | 0,176±0,004 | 1,453±0,130 | 0,929±0,029 | ||
| 20 | 44,737 | 0,144±0,004 | 0,165±0,032 | 0,165±0,005 | 1,380±0,122 | 0,934±0,025 |
| 115 | 36,842 | 0,121±0,004 | 0,126±0,027 | 0,126±0,005 | 1,304±0,135 | 0,945±0,021 |
| 18 | 47,368 | 0,157±0,004 | 0,191±0,033 | 0,191±0,005 | 1,424±0,129 | 0,914±0,028 |
Согласно показателям полиморфных локусов, средний на локус индекс информации Шеннона, среднее на локус генное разнообразие по Nei можно утверждать, что во всех линиях не отмечается инбредная депрессия.
Среди исследованных линий популяции романовской породы неравномерное распределение частот аллелей наблюдается у овец линии 20, так как отмечается минимальное значение среднего числа аллелей µ по AG-ISSRPCR (µ=1,352±0,131). Это подтверждается также и высокими значениями показателя hµ (0,949±0,022) в данной популяции.
В наибольшей степени равномерное распределение частот аллелей AGISSR-фрагментов отмечено в линиях 8222 Rebel и 25, так как они имеют самые высокие значения среднего числа аллелей µ=1,600±0,114 и 1,600±0,113, соответственно при средних долях редких аллелей hµ=0,926±0,037 и 0,925±0,037, соответственно.
Среди изученных популяций по GA-ISSR-PCR маркеру равномерное распределение частот аллелей свойственно выборке линии 508 (µ=1,560±0,115;
hµ=0,923±0,035), а наиболее неравномерное – выборке линии 115 (µ=1,304±0,135; hµ=0,945±0,021).
Для определения коэффициента генетической оригинальности использовался метод, разработанный Смирновым в 1969 году. Он основан на частоте встречаемости таксономических признаков. Чем реже встречается признак, тем лучше он характеризует популяцию, и напротив, чем признак типичней, тем меньше он выделяет эту группу особей среди прочих, имеющих этот признак. Разработана точная оценка совпадений или несовпадений таксономических групп в тех или иных признаках, и в соответствии с этим им был присвоен определенный «вес». Таким образом, при совпадении двух групп в признаке оригинальном им определяется больший «вес», нежели чем в совпадении их в типичном признаке (Смирнов Е.С., 1969).
Данный вид анализа был применим для определения генетического разнообразия и выявления наиболее перспективных и наиболее типичных особей внутри линий овец романовской породы в исследуемой популяции. На основании данных, полученных в ходе ISSR-фингерпринтинга с использованием маркеров AG и GA, фиксировались наличия (1) либо отсутствия (0) фрагментов в каждой размерной группе, визуализируемых на геле и была создана матрица этих значений. Далее значения наличия или отсутствия фрагментов были заменены на «взвешенные» значения. Для каждой особи был рассчитан индекс (коэффициент генетической оригинальности) на основании отношения суммы «взвешенных» значений всех размерных групп к их общему количеству по маркерам AG и GA соответственно для каждой особи в отдельности. По полученным индексам КГО построили гистограммы распределения, которые подчинялись законам о нормальном распределении. Выделили 5 интервалов, которые отражают последовательное увеличение вероятности встретить наиболее редкие фрагменты в определенных размерных группах. За минимум взяли значения до 5-ого процентиля и отнесли их к первому классу (I). Далее разделили выборку, используя полученную шкалу, по процентилям 25, 50, 75 и 95%, соответственно, присуждая II, III, IV, V классы особям, попадающим в интервал между минимальными и максимальными квантилями. Разделение проводили по каждому маркеру отдельно. Далее всю выборку разделили по линиям и провели оценку животных, находящихся в каждой из них ( Нестерук Л.В. и др., 2015) .
Известно, что наиболее типичные особи для данной популяции попадают в I класс, а самые оригинальные в V класс и в общей выборке они занимают всего по 5% каждый. На основе выделенных классов можно строить оценку популяции в целом и оценить вклад каждой линии в её генетическое разнообразие ( Нестерук Л.В., 2016).
Так по маркеру AG-ISSR-PCR выявлены следующие закономерности. Наибольший процент типичных особей наблюдается в линиях 8222 Rebel, 450, 25, 34, 8227 Ramon, 20 они имеют представленность типичных особей в своей структуре в объеме 4.3%, 3.8%, 4.5; 14.3%, 8.3%, 28.6%, соответственно от размера линии (рис. 30). Эти линии являются носителями наиболее типичного исследуемого генофонда романовской породы овец. Так же стоит отметить, что в этих линиях хорошо представлены (более 20%) и другие классы, отражающие отношение к средне-типичным особям, что говорит о сбалансированности линий, но возможно и о недостаточном генетическом разнообразии, что может привести к отрицательным эффектам вследствие инбридинга. Следует отметить, что линии 450 и 34 имеют значительную представленность оригинальных особей 15.4% и 7.1%, что говорит о направленности селекционной работы на увеличение генетического разнообразия этих линий и уменьшение последствии негативного влияния инбридинга.
Линии 508 и 18 представлены только особями относящиеся к среднетипичным классам (II, III, IV классами) для романовской породы. Вероятно, в этих линиях ведется закрепление какого-либо полезного хозяйственного признака, либо стабилизация генофонда линии для реализации улучшения генофонда данных линий.
Линии 29, 8217 Rekrut, 115 представлены особями, относящимися к классам II, III, IV, V с хорошо представленным V классом (около или более 10%). Такое распределение особей по классам говорит о высоком генетическом разнообразии этих линий, что соотносится с данными, полученными при анализе индексов, описывающих генетические свойства линий. Вероятно, в данных линиях ведется работа по увеличению генетического разнообразия и увеличению потенциала для дальнейшего их развития.
