Не − ожидаемые частоты аллелей [324].

В случае, если ожидаемые значения численности хотя бы в одном из классов оказывается меньше пяти, то расчет χ² осуществлялся с поправкой Йетса, формула (4):

χ² =∑((Но-Не)-0,5)² / Не (4)

Соответствие фактического распределения генотипов теоретически ожидаемому в соответствии с законом Харди-Вайнберга оценивается с помощью критерия χ² , формула (5). Число степеней свободы равняется одному (число генотипов минус число аллелей).

χ² =∑(Но-Не)² / Не (5) где Но − наблюдаемые частоты генотипов,

Не − ожидаемые частоты генотипов: (6) АА=p² ; AB=2pq; BB=q² [324].

В случае, если ожидаемые значения численности хотя бы в одном из классов оказывается меньше пяти, то расчет χ² осуществляется с поправкой Йетса:

χ² =∑((Но-Не)-0,5)² / Не (7)

Допустимое значение χ² для одной степени свободы и 5% уровня значимости составляет 3,84 [324].

Для оценки влияния генотипов на признаки продуктивности вначале необходимо выявить предпочтительный и альтернативный генотипы. Для полиморфизмов, у которых группы животных с разными генотипами достоверно различаются между собой по конкретному признаку, генотип, характеризующийся наиболее высоким уровнем продуктивности, является предпочтительным, а два других – нежелательными при отборе животных в ходе селекционного процесса.

Предпочтительный и нежелательные генотипы для каждого полиморфизма определяют путем сравнения средних значений показателей продуктивности в группах животных с разными генотипами между собой, с достоверностью разницы - * P<0,05; ** P<0,01.

Достоверность различий сравниваемых показателей оценивают по критерию Стьюдента.

Подбор методов статистической обработки и предоставления данных осуществляют с учетом характера распределения изучаемых признаков в имеющихся выборках животных.

При проведении статистического анализа для количественных данных первоначально необходимо определить характер распределения (Shapiro-Wilk` W test).

Если в одной из групп количественные признаки не имеют приближенно нормального распределения, или в одной из групп число выявленных животных с редкими генотипами меньше двадцати, то в дальнейшем вся обработка и интерпретация данных, а также предоставление результатов проводятся методами непараметрической статистики. Данные представляют в виде Ме (25%; 75%), где Ме - медиана (срединное значение) признака; 25% и 75% – интерквартильный размах признака характеризующий разброс распределения признака [324, 325].

Статистическая оценка однородности выборок, а также оценка различий между группами с тремя возможными генотипами проводится методом рангового анализа вариаций для трех и более независимых групп по КраскелуУоллису (Kruskel-Wallis ANOVA) либо с помощью медианного теста. Если число животных в группе с редким генотипом менее шести, такая группа исключается из статистической обработки и сравнение проводится с помощью U-критерия Манна-Уитни (Mann-Whitney U-test) для двух независимых групп.

В случае выявления статистически достоверных различий между предпочтительными и альтернативными генотипами, проводят оценку продуктивности относительно общей выборки. Те генотипы, которые характеризуются достоверно повышенной или достоверно пониженной продуктивностью относительно общей выборки могут быть рекомендованы в качестве генетических маркеров по данному признаку.

Достоверность отличия уровня продуктивности в группах с разными генотипами от общей выборки определяют методом интервального оценивания, путем построения 95% доверительно интервала для медианы анализируемой группы и последующего сопоставления его с медианой общей выборки. Для этого находят и сравнивают границы 95% ДИ для медианы общей выборки и анализируемой группы. Если границы ДИ не перекрываются, анализируемая группа значимо отличается от популяции.

Оценку мясной продуктивности животных с разными генотипами и их парными сочетаниями проводят по признакам живой массы и индексам, характеризующим телосложение (сбитость, костистость, растянутость, шилозадость и массивность). Молочную продуктивность крупного рогатого скота оценивают по удою, содержанию жира и белка в молоке.

Статистическую обработку результатов проводят с использованием программных возможностей «Microsoft Excel 2010» и «Statistica 6.0» (StatSoft, Inс. 1994 – 2001).

Контрольные вопросы:

1. Как определяют относительные частоты аллелей?

2. Как определяют частоты генотипов?

3. Какие компьютерные программы используют при статистической обработке данных?

4. Определите частоты аллелей А и В, если в популяции крупного рогатого скота насчитывается 1000 животных, среди которых было 500 особей генотипа bPit - 1 -HinFI^АА , 350 особей генотипа bPit - 1 -HinFI^АB и 150 животных генотипа bPit - 1 -HinFI^BB .

5. Определите ошибку для обеих частот.